現在の環境がWindows10だからか、今まで気にならなかったのだが、git addで以下のエラーがでた。
$ git add . warning: CRLF will be replaced by LF in pate1.md. The file will have its original line endings in your working directory
Gitが改行コードをCRLFへ変更しようとしているとのこと。
$git config --global core.autoCRLF false
上記を実行することで改行コードをCRLFへ変更しなくなる。